Cohortes / projets Maladies rares (AMI)

L’Agence nationale de la recherche (ANR) confie à France Cohortes, dans le cadre d’un appel à manifestation d’intérêt (AMI) lancé auprès de chercheurs, la mission d’accompagner 11 projets sur les maladies rares.

En raison du faible nombre de patients par maladie rare - au maximum 1 personne sur 2000 pour plus de 6000 maladies rares décrites - la recherche nécessite, dans le respect de la confidentialité, un partage d’informations et des collaborations entre chercheurs au niveau national et international.

L’enjeu de santé publique est important : on dénombre « 3 millions de personnes en France, au moins 30 millions en Europe et 300 millions dans le monde ! » (source : site Inserm)

Dans ce contexte, l’Agence nationale de la recherche (ANR) a confié à France Cohortes, dans le cadre d’un appel à manifestation d’intérêt (AMI) lancé auprès de chercheurs, la mission d’accompagner 11 projets sur les maladies rares.

Avec la mise en place d’une démarche FAIR dès la phase de recueil des données, l’infrastructure nationale de recherche dédiée aux cohortes françaises va contribuer à la gestion, à la diffusion et à la réutilisation des données, tout en garantissant la stricte protection des données des personnes qui acceptent de les confier.

Les projets de l’AMI Maladies rares chez France Cohortes, c’est :

BANCCO + : Une base de CNV pour de réduire l’errance diagnostic, identifier de nouveaux de gènes et accroître nos connaissances sur le génome humain

BANCCO+ succède au projet BANCCO (BANque Nationale des CNVs Constitutionnels), dont l’objectif était de créer une base de données Nationale des CNVs (Copy Number Variations) identifiés par une technique d’analyse des chromosomes sur puce à ADN (ACPA). Les variations du nombre de copies (CNVs) désignent les gains ou les pertes de portions chromosomiques de plus ou moins grande taille (de quelques centaines à millions de bases), pouvant être à l’origine de pathologies.

Le projet vise à diagnostiquer des déséquilibres chromosomiques chez des patients présentant en particulier des troubles neurodéveloppementaux (TND).

Aujourd'hui, la collecte, l'annotation et l'interprétation de ces CNVs demeurent difficiles. BANCCO+, en lien avec d'autres initiatives internationales, sera d'un apport majeur, en particulier pour les biologistes et cliniciens.

Hébergé à terme au sein du système d’information de France Cohortes, BANCCO+ constituera la plus riche base française possible de CNVs.

  • Responsable scientifique et technique : Pr Damien SANLAVILLE, Hospices Civils de Lyon(HCL), Lyon

CDE.ai : L’Intelligence artificielle au service des sets de données minimales pour les maladies rares

CDE.ai a pour objectif de créer, au sein de la plateforme France Cohortes, un ensemble d’algorithmes de traitement automatique du langage (TAL) qui permettra de compléter semi-automatiquement des formulaires de recherche clinique et notamment le set de données minimal maladies rares qui est actuellement complété manuellement pour tous les patients suivis dans les centres experts maladies rares.

  • Responsables scientifiques et techniques : Pr Guillaume ASSIÉ, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (APHP) Endocrinologie Cochin, Université de Paris, Institut Cochin, Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), Centre national de la recherche scientifique (CNRS), et Dr Anne-Sophie JANNOT, APHP, Banque nationale des maladies rares (BNDMR), Paris.

ECYSCO - Cohorte européenne de cystinose : nouveaux biomarqueurs et nouvelles approches thérapeutiques

La cystinose est une maladie rare multisystémique, causée par l’accumulation de cystine, dont l’incidence est de 1:180 000 naissances. Le traitement spécifique par cystéamine ralentit les complications rénales et extra-rénales et améliore l’espérance de vie, mais il persiste un manque de connaissance sur l’impact de la prise en charge thérapeutique et le suivi à long terme.

Récemment, de nouveaux traitements sont arrivés en Europe avec une cystéamine à libération prolongée et un nouveau collyre oculaire. La greffe de cellules souches est apparue comme une nouvelle option thérapeutique prometteuse. Nous avons mis en place une cohorte européenne multicentrique longitudinale non interventionnelle, ECYSCO, afin de collecter des données cliniques et thérapeutiques homogènes. Elle comprend 27 centres en France et 4 en Europe.

La migration et l’extension de la base de données ECYSCO dans le système d'information de France Cohortes pourra également permettre de rendre les données interopérables avec un registre européen, pour partager les données de la recherche. En effet, cette cohorte bien caractérisée est un outil majeur qui va permettre de mettre en place des essais cliniques avec les stratégies thérapeutiques innovantes actuellement développées dans la maladie, à la fois pour identifier les patients susceptibles d’y participer, servir de groupe contrôle et pour évaluer les effets et la sécurité de ces traitements sur les complications de la maladie.

  • Responsables scientifiques et techniques : Dr Aude SERVAIS et Pr Patrick NIAUDET, Hôpital Necker, APHP, European reference network (ERN) ERKNet, Paris

FACES-4-Kids - Une base de données de phénotypage profond par intelligence artificielle dans les des anomalies craniofaciales au cours du développement

FACES-4-Kids est un projet de base de données tourné vers la question scientifique de l’hétérogénéité génétique et de l'expression variable des malformations craniofaciales, en vue d’une prise en charge clinique optimale (diagnostic, pronostic), et des plans de traitement personnalisés, notamment chirurgicaux.

  • Responsable scientifique et technique : Pr Stanislas LYONNET, Institut hospitalo-universitaire (IHU) Imagine - Institut des maladies génétique, Paris

FG-COALS - Étude de cohorte franco-germanique sur les facteurs associés à la perte du poids dans la sclérose latérale amyotrophique

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est la plus fréquente des maladies du neurone moteur chez l'adulte.

L’objectif de FG-Coals est de structurer une grande cohorte franco-allemande afin d’identifier les facteurs associés à la perte de poids en tant qu’indicateur de gravité de la maladie dans la SLA.

Les données françaises du projet vont être transférées dans le système d'information sécurisé de France Cohortes, et faire l’objet d’un recueil complémentaire de données, puis d’analyses et de croisement de données avec les données allemandes.

  • Responsable scientifique et technique : Pr. Philippe COURATIER, Responsable du Centre de Référence Maladies Rares SLA & autres maladies du neurone moteur CHU Limoges

MITOMICS - Base de données pour les maladies mitochondriales, une approche multi-OMICS intégrativ

Une base de données installée dans le système d’information de France Cohortes et dans le cadre du projet MITOMICS devrait permettre une analyse croisée de données multi-Omics (transcriptomiques / protéomiques / métabolomiques) et de données cliniques et génomiques (WES, WGS) incluant le génome mitochondrial, pour aider à mieux appréhender la complexité et la très grande hétérogénéité clinique et biologique des pathologies mitochondriales.

  • Responsable scientifique et technique : Pr Vincent PROCACCIO, Université d’Angers et Centre Hospitalier d’Angers et Pr Sylvie BANNWARTH, Centre Hospitalier de Nice

PAMPERO - Vers une médecine personnalisée dans une maladie vasculaire génétique rare : la maladie de Rendu-Osler

La maladie de Rendu-Osler ou télangiectasie hémorragique héréditaire (HHT) est une maladie vasculaire génétique rare qui, malgré une nette amélioration du dépistage et de sa prise en charge, peut sévèrement impacter la qualité de vie des patients et leur pronostic.

Le projet consiste à transférer des données recueillies depuis 15 ans au sein du système d'information de France Cohortes et à les enrichir de données complémentaires. Leur analyse, soutenue par des outils de machine learning, permettra de fournir de nouveaux outils pour l’identification de facteurs pronostiques et pour prédire la réponse des patients au traitement.

  • Responsable scientifique et technique : Dr Sophie DUPUIS-GIROD, Service de Génétique – Hôpital Femme Mère Enfant – HCL, Centre de Référence pour la maladie de Rendu-Osler, Lyon

PROGRESS FSHD - Évaluation à distance et intelligence artificielle pour valider de nouvelles mesures, des biomarqueurs et des nouvelles cibles thérapeutiques pour la dystrophie musculaire facio-scapulohumérale

La dystrophie facio-scapulo-humérale (dystrophie FSH) est une maladie musculaire (myopathie) d'origine génétique parmi les plus fréquentes chez l'adulte. Son nom vient du fait qu'elle atteint principalement les muscles du visage (facio-), des épaules (scapulo-) et des bras (humérale). (source : Orphanet)

En combinant toutes les données recueillies auprès des patients porteurs de la pathologie, couplés à une analyse par intelligence artificielle, l’équipe veut créer une base de données au sein du système d'information de France Cohortes contenant toutes les informations nécessaires. Elle permettra de développer et valider de nouvelles mesures digitales pouvant être utilisées dans les essais cliniques et études en condition réelle, mais aussi des biomarqueurs sériques et de nouvelles stratégies thérapeutiques innovantes.

  • Responsable scientifique et technique :  Pr Sabrina SACCONI, Responsable de la structure "Système nerveux périphérique, Muscle", Centre de référence pour les maladies neuromusculaires, Pôle de Neurosciences/Rhumatologie du Centre hospitalier de Nice

RaReTiA - Création d’un entrepôt de données Maladies Rares de l’œil (FREDD) et d'un pilote en intelligence artificielle pour les rétinopathies pigmentaires

La rétinopathie pigmentaire (RP), une dystrophie héréditaire de la rétine, constitute une cause majeure de malvoyance.

Le projet RaReTiA a comme objectif principal de créer un entrepôt de données de santé national au sein de France Cohortes et d’adresser ses premiers défis scientifiques.

  • Responsable scientifique et technique : Hélène DOLLFUS, Inserm UMRS_1112 – Laboratoire de Génétique Médicale & Université de Strasbourg

RASORES - Approches précliniques du traitement des patients atteints de RASopathie par une approche multiomique de leur physiopathologie à partir d'une cohorte de patients décrite et annotée de manière approfondie dans un registre européen dédié

Les RASopathies partagent à des degrés divers un retard statural postnatal, des malformations cardiaques, une cardiomyopathie hypertrophique, des particularités faciales, des anomalies cutanées, des déformations squelettiques, un retard des acquisitions psychomotrices puis des apprentissages ou une déficience intellectuelle. Les RASopathies présentent, pour la plupart, une propension au développement de tumeurs pédiatriques, bénignes et malignes. (source : site HAS).

Les données de la cohorte de l'histoire naturelle de la maladie permettront d’étudier les conséquences neuropsychologiques et sociales, et des investigations physiopathologiques précliniques. La base de données hébergée par France Cohortes sera interopérable avec d’autres bases de données européennes.

  • Responsables scientifiques et techniques : Alain VERLOES, Responsable du département de génétique, et Hélène CAVÉ, Responsable du laboratoire de génétique moléculaire, APHP - Université de Paris Cité, Centre hospitalier universitaire Robert DEBRE, Paris

TransEAsome - Devenir à long terme de l’atrésie de l’œsophage, profils transomiques à l’adolescence

L'atrésie de l'œsophage (OA), une malformation de l'œsophage présente dès la naissance, se caractérise par l’interruption de la continuité de l’œsophage, qui se termine alors en cul-de-sac. Les aliments ou la salive ne peuvent pas être amenés dans l’estomac. (Source : Fimatho) Il est alors nécessaire de réaliser une opération visant à remettre l’œsophage en continuité.

Bien que cette intervention permette à la grande majorité des enfant de survivre à la période néonatale, il persiste toute la vie des problèmes de santé tels que le reflux gastro-oesophagien, des difficultés pour manger, des problèmes respiratoires mais aussi de croissance.

L’objectif du projet est de créer une cohorte prospective d’adolescent de 13/14 ans, nichée dans le registre national des OA. En complément des données cliniques, une biobanque d'échantillons de muqueuse œsophagienne et de plasma sera constituée.

Une fois les données cliniques collectées et les données omiques (issues de l’analyse des échantillons biologiques de la biobanque) générées, elles seront analysées par les partenaires du projet afin d’évaluer le devenir à long terme de l’OA et d’établir des profils multiomiques.

Les données brutes seront disponibles sur la plateforme informatique de France Cohorte.

  • Responsable scientifique et technique : Pr Frédéric GOTTRAND, Centre Hospitalier Universitaire de Lille

 

Ce travail de gestion de données fourni par France Cohortes bénéficie d'une aide de l’État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre de France 2030 portant la référence ANR-21-PMRB-0012.