Après deux années de collaboration avec des acteurs clés le département des systèmes d’information (DSI), le responsable de la sécurité SI, la délégation à la protection des données personnelles (DPO) de l’Inserm, les cohortes Elfe et Epipage2, et d’échanges constructifs avec la CNIL, nous avons mis en place un environnement sécurisé répondant aux exigences strictes du SNDS. Cette réussite positionne notre structure comme un acteur de référence dans l’intégration et l’utilisation des données pour la recherche en santé publique.

Créer un système capable d’héberger et de traiter des données aussi sensibles que celles du SNDS n’a pas été une tâche simple. Il a fallu développer une architecture informatique dédiée, nommée « SNDS-fils », qui respecte les standards de sécurité les plus exigeants.

Quelques actions clés de ce projet technique :

• Pseudonymisation des données : Nous avons conçu un circuit innovant de pseudonymisation, travaillé avec la CNIL, garantissant une protection optimale des identités tout au long du traitement.
• Chiffrement avancé : Nous avons intégré des protocoles de chiffrement sophistiqués pour sécuriser les données, qu’elles soient en transit ou stockées.
• Traçabilité renforcée : Un schéma précis des flux de données a été mis en place, permettant une supervision et un contrôle strict des utilisations.
• Urbanisation des systèmes : Le système d’information a été entièrement pensé pour répondre simultanément aux référentiels SNDS et Entrepôt de Données de Santé (EDS), une double homologation rare.

Chaque exigence, qu’elle soit d’ordre technique, réglementaire ou organisationnelle, a été traduite en spécifications concrètes, puis implémentée grâce à une étroite collaboration entre nos experts internes et les partenaires externes.

Cette infrastructure sécurisée ne se limite pas à la conformité. Elle constitue une plateforme performante et évolutive pour :

• Accéder rapidement aux données : grâce à des processus rodés et un modèle d’analyse d’impact sur la protection des données personnelles préétabli (AIPD) travaillé en amont avec la CNIL, les délais d’obtention des accords nécessaires pour l’appariement des données vont être plus rapides. De plus, un outillage technique et un mode opératoire d’exploitation des données, également élaboré avec la CNIL, visent à intégrer plus rapidement les informations issues du SNDS dans les bases des cohortes, optimisant ainsi l’enrichissement des données et le démarrage des analyses.
• Gérer des volumes massifs de données : l’environnement est capable de traiter des données volumineuses, selon les besoins des cohortes, et sans compromis sur la sécurité.
• Faciliter la recherche dans un environnement sécurisé : notre système permet aux cohortes de bénéficier d’une mutualisation des ressources tout en conservant un cloisonnement des espaces et une confidentialité rigoureuse. Il n’est ainsi plus nécessaire de démultiplier les hébergeurs selon la nature du traitement, France Cohortes étant en capacité d’en héberger toutes les étapes dans un cadre sécurisé et cohérent.

Porté par une équipe multidisciplinaire, ce projet a mobilisé des compétences variées chez France Cohortes et à l’Inserm :

• Experts en sécurité des données : Pour garantir une conformité totale avec le RGPD et les standards du SNDS.
• Ingénieurs systèmes : Chargés de mettre en œuvre une infrastructure sécurisée, robuste et scalable.
• Gestionnaires réglementaires : Pour assurer le dialogue avec la CNIL.

Les défis rencontrés, comme la mise en œuvre des référentiels SNDS et EDS, ont été relevés grâce à un suivi rigoureux et des outils de pilotage précis, notamment des indicateurs clés de performance (KPI).

Grâce à ce système homologué, de premières cohortes, dont Elfe et Epipage2, vont pouvoir apparier leurs données avec celles du SNDS.

• En rétrospectif, l’appariement avec le SNDS va permettre d’accéder à l’historique complet de consommation de soins des participants, sans nécessiter de sollicitation supplémentaire. Cela réduit significativement la charge des questionnaires tout en augmentant la fiabilité des données. Il devient ainsi possible d’étudier les relations entre la consommation de soins et divers facteurs, comme l’état de santé, le niveau socio-économique, les comportements de la vie courante, ou les caractéristiques culturelles.
• En prospectif, ce suivi passif offre une continuité précieuse, même en cas de désengagement des participants, en respectant leur consentement. Les événements de santé majeurs tels que des hospitalisations, une mise en affection de longue durée (ALD), un décès, sont documentés sans interruption, ce qui améliore considérablement la robustesse des analyses et la fiabilité des événements étudiés.

En permettant un appariement à une base de données aussi riche que le SNDS, tout en garantissant une sécurité maximale, nous favorisons une recherche rigoureuse et robuste. Cette réalisation technique et réglementaire n’est pas seulement une étape, mais le point de départ d’un environnement riche en sources de données variées, et un levier puissant pour améliorer notre compréhension des enjeux de santé publique.

Conscient de l’intérêt que représente le chaînage aux données SNDS pour les cohortes, nous sommes fiers d’avoir mené ce projet ambitieux en lien étroit avec l’Inserm (DSI et DPO) et la CNIL, et notre expertise est désormais à disposition pour accompagner les cohortes dans leurs projets d’appariements de leurs données avec celles du SNDS.

Le projet MITOMICS vise à développer une base de données cliniques et « multi-omiques » provenant de patients atteints de maladies mitochondriales, à l’échelle nationale, afin de mieux comprendre les mécanismes moléculaires responsables de ces maladies, et de proposer, à terme, une meilleure prise en charge. Il participe ainsi à la consolidation d’une « médecine mitochondriale » française qui, à la veille du lancement du quatrième Plan National Maladies Rares (PNMR4), est emblématique de l’étude et de la prise en charge de ces maladies, et mérite donc d’être examinée. L’article retrace l’histoire de l’émergence de cette médecine. Il en expose les principales caractéristiques (génocentrisme, techno-dépendance) ainsi que les limites, dans la perspective d’une « médecine mitochondriale » personnalisée.

Clémence Guillermain, Stéphane Tirard, Sylvie Bannwarth and Vincent Procaccio

Med Sci (Paris), 41 2 (2025) 173-179

L'article est disponible en open access sur le site de médecine/sciences (https://doi.org/10.1051/medsci/2025016)  

L'objectif de l’initiative LifeCourse est de permettre aux chercheurs de tirer parti de vastes données de cohortes afin de mieux comprendre les enjeux de santé qui émergent tout au long de la vie.

À cette fin, LifeCourse regroupe les informations de plus de 30 cohortes australiennes sur une plateforme commune. Chaque cohorte est gérée de manière indépendante par l’organisme académique ou de recherche responsable de l’étude, en conformité avec ses propres protocoles éthiques et de gouvernance.

Le Murdoch Children’s Research Institute (MCRI) pilote l’initiative LifeCourse et collabore avec ces organismes et les équipes responsables des cohortes pour encourager la réutilisation de ces données précieuses, notamment en :

• présentant les métadonnées des cohortes dans un format standardisé sur un site web accessible au public, et
• offrant une porte d’entrée centralisée pour les demandes d’accès aux données, lesquelles sont évaluées et traitées par les responsables désignés de chaque cohorte.

Vous avez la possibilité de vous inscrire à cet atelier en présentiel, à France Cohortes (Paris 13e), dans la limite de 40 places (votre inscription vous sera confirmée par mail ultérieurement), ou en distanciel :

Participer en présentiel                          Participer en distanciel

Sur l'intervenante

Le Dr Meredith O’Connor est une psychologue spécialisée en éducation et développement, actuellement Senior Research Fellow au Murdoch Children’s Research Institute (MCRI) à Melbourne, Australie. Elle joue un rôle clé dans l'initiative LifeCourse, une plateforme regroupant plus de 30 études longitudinales sur la santé et le développement des enfants et adolescents, impliquant plus de 70 000 participants.

Sur les rencontres thématiques de France Cohortes

Les rencontres thématiques de France Cohortes présentent des experts abordant des questions méthodologiques liées à la recherche longitudinale, à l'analyse et à la gestion des cohortes. Les rencontres thématiques de France Cohortes visent à faciliter le partage des connaissances, des expériences et des défis communs entre les équipes des cohortes par le biais d'une communauté de pratique dynamique. Tous les personnels de soutien à la recherche et les chercheurs sont les bienvenus.

Nous remercions chaleureusement nos contributeurs actuels et passés pour leur soutien généreux, et leur contribution à ces rencontres !

L’application du Deep learning aux données de santé

À travers un exemple concret, cette présentation permettra à un large public de découvrir comment les Large Language Models (LLM) peuvent être utilisés pour exploiter des données textuelles médicales, par exemple. Ce webinaire illustrera le potentiel de l’intelligence artificielle dans le domaine de la santé, tout en restant accessible aux non-spécialistes.

Vous avez la possibilité de vous inscrire en présentiel chez France Cohortes (Paris 13e), dans la limite de 40 places (votre inscription vous sera confirmée par mail ultérieurement) ou en distanciel :

Participer en présentiel                          Participer en distanciel

Sur l'intervenant

Mohammed Sedki est statisticien et enseignant-chercheur affilié au Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), une unité mixte de recherche de l’Inserm et de l’Université Paris-Saclay. Il occupe également le poste de maître de conférences à l’Université Paris-Saclay.

Mohammed Sedki possède une expertise en statistiques appliquées à la santé mentale, avec un accent particulier sur les méthodes d'apprentissage supervisé en grande dimension.

Sur les rencontres thématiques de France Cohortes

Les rencontres thématiques de France Cohortes présentent des experts abordant des questions méthodologiques liées à la recherche longitudinale, à l'analyse et à la gestion des cohortes. Les rencontres thématiques de France Cohortes visent à faciliter le partage des connaissances, des expériences et des défis communs entre les équipes des cohortes par le biais d'une communauté de pratique dynamique. Tous les personnels de soutien à la recherche et les chercheurs sont les bienvenus.

Nous remercions chaleureusement nos contributeurs actuels et passés pour leur soutien généreux, et leur contribution à ces rencontres !

Après 18 mois d’étude pilote, la cohorte MARIANNE entre dans sa phase de déploiement national rendue possible grâce à l’extension des partenariats avec les maternités, structures sanitaires, médico-sociales et de protection de l’enfance, ainsi que les centres de ressources Autisme. 

La gouvernance de l'étude s'est également structurée en intégrant des institutions nationales impliquées dans les politiques de santé publique, de solidarité et d’autonomie, et l'assurance maladie (CNSA, DGS, CNAM).

Les données hébergées chez France Cohortes disposent de l’appui du CINES à Montpellier, qui offre une puissance inédite de calcul numérique permettant de concrétiser la vocation d’infrastructure de la cohorte MARIANNE.

Les projets déposés seront présentés au groupe « Biologie » du Conseil scientifique et au Comité de pilotage des cohortes pour recevoir un avis d’opportunité.

Sur la base de cet avis d’opportunité, les porteurs de projets pourront rechercher les financements nécessaires à la réalisation de leur projet.

Les cohortes Elfe et Epipage 2 suivent des enfants nés en 2011 qui diffèrent par leur degré de prématurité à la naissance. Depuis 2020, le suivi des deux cohortes est entièrement mutualisé. Les projets présentés peuvent reposer sur l’une ou l’autre des deux cohortes ou combiner des données et échantillons des deux cohortes.

Les projets doivent être envoyés avant le 30 septembre 2025. 

Cliquer sur le lien ci-dessous pour télécharger le dossier présentant les cohortes, les échantillons disponibles et le formulaire de réponse:

France Cohortes a eu l’opportunité de participer aux journées EMOIS et d’y présenter un poster détaillant la mise en œuvre de la démarche FAIR (données faciles à trouver, accessibles, interopérables, réutilisables) au sein de l’infrastructure nationale, autour des données des cohortes hébergées.

Ce congrès d’information médicale constitue un rendez-vous majeur pour les spécialistes impliqués dans le recueil, l’exploitation ou la réutilisation des données.

Notre spécialité, l’épidémiologie, se distingue par la diversité et la sensibilité des données personnelles, l'utilisation fréquente de questionnaires complexes et de mesures subjectives, et le besoin de connaître les sources de biais liées aux écarts de mesure.

L’utilisation de standards existants pour documenter les métadonnées, essentiels pour décrire et découvrir les données, n’est pas encore systématique.
Dans ce contexte, Vally Selvarasa a présenté le processus de mise en place du standard commun de métadonnées adapté aux spécificités des cohortes DDI-L (pour Data Documentation Initiative - LifeCycle).

Ce travail permettra de réaliser un catalogue de métadonnées permettant aux chercheurs de mieux découvrir, comprendre et réutiliser les données épidémiologiques. 

Consulter le résumé du poster : https://doi.org/10.1016/j.jeph.2025.202914

Elfe et Epipage 2 réunissent leurs activités, rapprochement matérialisé notamment par un nouveau logo commun, et invitent les scientifiques intéressés aux travaux de recherche dans les domaines des sciences sociales, de la santé et de l’environnement sur les deux cohortes d'enfants suivis.

Ce projet, soutenu par la Filière Sensgene, est consacré aux maladies rares de l’oeil. Il est financé par l'ANR (Agence nationale de la recherche) et est placé sous la responsabilité de l’Inserm, à travers l’équipe du Pr Hélène Dollfus. 

Les données de 389 patients atteints de dystrophie rétinienne héréditaire issus du centre de référence de l’Hôpital National des 15-20, dirigé par le Pr Isabelle audo, ont été déjà saisies. 

Retrouver toutes les informations dans le communiqué de presse ci-dessous, et sur le site internet de l'entrepôt de données FREDD : www.fredd-eds.fr.