La maturité des services existants et les attentes de la communauté nous invitent à ouvrir dès cette année France Cohortes, au-delà des cohortes de la feuille de route initiale. Nous veillerons à une cohérence d’ensemble et à une ouverture maitrisée pour maintenir une proximité et la meilleure qualité de service avec chacune des cohortes prises en charge. 

N’hésitez toutefois pas à nous solliciter si vous avez un projet de migration ou de nouvelle cohorte susceptible d’avoir besoin de nos services de recueil, de traitement, d'analyse et de mise à disposition des données.

Nous contacter

La mise en œuvre du règlement EEDS est une opportunité à saisir pour fluidifier et simplifier la réutilisation des données de santé.

Elle soulève toutefois des enjeux multiples :

• Organisationnels et financiers, avec la mobilisation de ressources importantes (réglementaire, ingénierie, etc.) qui devront être adaptées et équilibrées pour tenir compte tant des besoins des scientifiques ayant recueilli et utilisé les données, que ceux des chercheurs qui vont les réutiliser, et ce, pour favoriser la production de connaissances scientifiques de qualité ;
• Éthiques, pour que l’obligation de partage dans des délais contraints ne donne pas lieu à des entorses aux principes de l’intérêt public des traitements, au respect des droits des participants, et préserve la confiance et le consentement des participants aux enquêtes.

Les travaux déjà entrepris par France Cohortes, et sa collaboration avec de nombreux partenaires, dont l’équipe en charge du portail FReSH (cliquer ici pour consulter le site), ont déjà permis d’anticiper plusieurs de ces enjeux.

Toute l’équipe reste néanmoins pleinement mobilisée pour accompagner ces transformations, aux côtés des cohortes et de l’ensemble de nos partenaires, au service de la recherche et de la santé publique.

La date de clôture de l'enquête nationale de cartographie des biocollections, menée dans le cadre du projet FrBioNet, est fixée au 18 mai 2026.

Toutes les informations sur l'enquête ainsi que les ressources d'accompagnement (replay de webinaire, F.A.Q, liste des champs de l'enquête, guide de prise en main de la plateforme DN) sont accessibles sur la page web de FrBioNet :

https://www.frbionet.fr/enquete-cartographie/

• La plateforme RaDiCo a engagé une évolution structurante de ses systèmes d’information afin de garantir la pérennité, la robustesse et l’interopérabilité des infrastructures nécessaires au suivi decohortes nombreuses et hétérogènes dans le champ des maladies rares.
• La collaboration avec l’infrastructure France Cohortes lui a permis de s’appuyer sur un environnement sécurisé, standardisé et durable pour le recueil, l’hébergement et la gestion des données cliniques, en cohérence avec les standards nationaux et internationaux.
• RaDiCo a conduit la migration progressive de 8 cohortes de son programme vers la plateforme informatique mutualisée de France Cohortes, précédée d’un travail approfondi de refonte de l’architecture des données et d’harmonisation des procédures.
• Ces transformations, menées sans interruption des activités de recherche, témoignent de la capacité de la plateforme RaDiCo à piloter des évolutions structurantes à l’échelle nationale, en mobilisant ses  équipes et ses partenaires autour d’objectifs communs de qualité et derationalisation des pratiques.
• La collaboration avec France Cohortes renforce le rôle de RaDiCo comme acteur clé de la structuration des cohortes en maladies rares en France et crée un cadre favorable à l’émergence et au développement de projets d’envergure nationale et internationale.

Le 24 mars dernier, un temps pour célébrer la coopération entre les deux équipes, à la suite du succès de la migration des données de RaDiCo vers France Cohortes.

L’intégration des cohortes du programme RaDiCo – pour Rare Disease Cohorts – au sein de l’environnement France Cohortes s’inscrit dans la continuité d’une recommandation de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) visant à renforcer la sécurisation et la pérennité du programme. Ce projet a conduit à la migration de huit cohortes RaDiCo vers l’infrastructure mutualisée de France Cohortes (cliquer ici pour consulter la page de RaDiCO).

Cette étape majeure s’est accompagnée d’une refonte de l’architecture des données et d’un travail approfondi d’harmonisation des pratiques au sein de la plateforme.  

Au-delà de l’intégration technique, cette collaboration a également permis d’enrichir l’offre de services de France Cohortes, notamment grâce à un support renforcé autour de l’utilisation de CleanWeb, un outil de recueil de données cliniques largement déployé dans les établissements hôpitaliers, et développé par l’éditeur Télémédecine. 

La mise en œuvre de cette opération a mobilisé fortement les équipes des deux structures. Elle s’est déroulée dans un contexte exigeant, marqué par le nombre de cohortes concernées, la nécessité de poursuivre les inclusions et les suivis des patients, ainsi que de la complexité technique liés aux transferts de données. 

Grâce à l’engagement des équipes RaDiCo et à la collaboration étroite avec France Cohortes, cette transition a pu être conduite sans interruption des activités de recherche. Elle a constitué une étape structurante pour le programme, permettant d’harmoniser les modalités de collecte des données, de clarifier les circuits de gestion et de renforcer la cohérence organisationnelle de l’ensemble du dispositif.

Le projet s’est construit dans une logique de co‑construction, associant étroitement équipes opérationnelles, chefs de projet et experts techniques des deux structures. France Cohortes a joué un rôle central dans la gestion de projet, de choix d’outils et de formalisation des processus, tout en ajustant son offre aux spécificités des cohortes cliniques en maladies rares.

Une attention portée aux usages et aux contraintes de terrain a permis d’instaurer un climat de confiance entre les équipes et de maintenir la dynamique du projet, malgré les défis techniques et organisationnels.

La collaboration de long terme contribue ainsi à pérenniser le programme RaDiCo, à renforcer la visibilité et la qualité scientifique de ses cohortes, tout en garantissant la sécurisation et la protection des données des participants. 

Elle pose également les bases d’une organisation visant à renforcer l’efficacité de la recherche sur les maladies rares : mieux comprendre leur évolution, identifier les liens entre différentes pathologies, ouvrir de nouvelles perspectives pour l’organisation des soins de santé et, à terme, améliorer la prise en charge et la qualité de vie des patients et de leurs proches.

Enfin, la migration vers l’infrastructure nationale France Cohortes va permettre un chaînage avec le système national des données de santé (SNDS), assurer la pérennité des investissements, renforcer l’intégration européenne (EJP-RD, ERNs, ERDERA) et permettre la mise en place d’études en vie réelle et d’essais cliniques innovants.

Photo de Vitaly Gariev - Unsplash.

La cohorte TEMPO (Trajectoires ÉpidéMiologiques en POpulation) est une étude prospective observationnelle créée en 2009 pour mieux comprendre les besoins de santé des jeunes adultes en France.

L’entrée dans la vie adulte constitue en effet une période clé : fin des études, accès à l’emploi, installation en couple ou encore autonomie financière. Ces transitions peuvent influencer durablement la santé, aussi bien à court qu’à long terme.

Un accompagnement réglementaire et technique en vue d'un appariement de données

En 2024, la cohorte a pris contact avec France Cohortes afin d’engager une démarche d’appariement de ses données avec celles du Système national des données de santé (SNDS), un ensemble de bases de données issues du soin (remboursements, hôpital, causes de décès, etc.) recueillant de nombreuses données médico-administratives.

Elle a bénéficié d’un accompagnement réglementaire et juridique de la part de France Cohortes, pour constituer son dossier de demande d’autorisation pour l’appariement des données avec le SNDS. 

Ce dossier a nécessité de :

• modifier le protocole de l’étude, en particulier les flux de données,
• rédiger l’AIPD - l’analyse d’impact relative à la protection des données, permettant de construire un traitement de données personnelles conforme au RGPD et respectueux de la vie privée,
• compléter le dossier à déposer auprès du Comité éthique et scientifique pour les recherches, les études et les évaluations dans le domaine de la santé (CESREES), chargé d’évaluer et d’encadrer, sur les plans éthique et scientifique, les projets utilisant des données de santé afin de garantir leur pertinence, leur sécurité et le respect de la vie privée,
• et lancer des discussions avec la Plateforme des données de santé (PDS), et la CNAM pour la mise en place de l’appariement.

L’accompagnement a été réalisé lien avec la délégation à la protection des données (DPO) de l’Inserm, responsable du traitement. 

La cohorte TEMPO a obtenu l’avis favorable du CESREES. Cet avis favorable a donné suite aux démarches effectuée auprès de la CNIL, ouvrant la voie à des analyses enrichies grâce au croisement des données TEMPO et du SNDS. Les objectifs de l'appariement des données avec le SNDS sont notamment de mieux comprendre les liens entre la présence de difficultés psychiques et les recours aux soins en santé mentale, ainsi que les autres facteurs associés.

Vue de la page d'accueil du portail

Le portail permet à différents profils d’intervenir efficacement dans le processus et d’assurer un suivi clair des demandes :

• Administrateurs de cohortes / secrétariats, qui pilotent le suivi des demandes, créent les comptes utilisateurs, organisent les comités et mobilisent les experts  
• Chercheurs externes, qui déposent leurs demandes d’accès aux données pour leurs projets de recherche 
• Chercheurs internes : membres de structures partenaires, ils peuvent soumettre leurs demandes directement via le portail 
• Experts (internes et externes), qui évaluent les demandes sur les plans scientifique, juridique et éthique 
• Comités (scientifique, éthique, accès aux données…), qui rendent des avis selon les règles de gouvernance propres à chaque cohorte 
• Data managers, qui assurent la mise à disposition des données validées et renseignent leur transmission dans le portail 

Vue du processus d'instruction et du formulaire dans une page de demande d'accès aux données

L'appel à candidatures organisé par l'APRS a pour objectif d’identifier, d’évaluer et de proposer à l’État un nombre restreint de cohortes existantes à très haute valeur ajoutée sur lesquelles de nouveaux développements d’ampleur seront proposés. 

Il exclut le financement :

• de collectes limitées à des données de soins
• d’inclusions complémentaires ou d’analyses secondaires de données collectées sans objectif scientifique ambitieux s’inscrivant dans une cohorte
• de cohorte sans autorisations réglementaires à jour ou en cours de régularisation 
   

Critères d’éligibilité des cohortes à très haute valeur ajoutée 

Les projets de recherche soumis doivent proposer de nouvelles actions se mettant en place sur des cohortes déjà structurées :

1. Cohorte active : 
   1. Pour les cohortes en cours : Un recrutement initial ayant inclus au moins 80% des effectifs prévus 
   2. Un suivi des sujets/patients encore en cours ou rendu possible réglementairement et opérationnellement par le maintien des contacts avec les sujets/patients de la cohorte
2. Cohorte multicentrique ou avec un recrutement en population 
3. Recueil prospectif des données collectées
4. Cohortes adossées à des collaborations de recherche nationales ou internationales, et ayant donné lieu à au moins 3 articles originaux publiés dans les 3 dernières années, en tenant compte uniquement des revues citées dans la liste émise par les conférences des doyens, voir le lien suivant :  https://sante.sorbonne-universite.fr/actualites/la-liste-des-revues-recommandees-de-la-conference-des-doyens-de-medecine-et-du-cnu-sante.

Description des projets attendus et constitution du dossier dévaluation 

Les projets devront être portés soit par un acteur unique soit par un consortium comportant plusieurs partenaires, dans tous les cas le promoteur de la cohorte servant de base au projet devra être le porteur ou faire partie du consortium. Ces projets sont ouverts à tout partenaire public de type établissement, organisme ou établissements de santé (tels que défini au L6111-1 du CSP) et/ou de recherche. 

Dans le cadre de cet appel à candidatures, les partenaires devront être basés en France. Les collaborations internationales seront bienvenues et pourront faire l’objet de description dans le dossier, toutefois il est attendu que l’essentiel de l’effort de recherche soit réalisé en France et les financements cibleront les partenaires nationaux.

Les projets devront cibler des actions scientifiques additionnelles et se greffant sur une cohorte déjà existante, ce nouveau projet devant avoir une durée maximale de 5 ans. 

Les montants de financements prévus sont de l’ordre de 2 à 3 millions d’euros par projets. La présence de cofinancements permettra également d’envisager des propositions plus ambitieuses. Sur cette base, il est attendu de pouvoir financer de l’ordre de 5 projets. 

La description des projets (en anglais) devra suivre le format du fichier joint, qui est à déposer sur cette plateforme au format PDF. Le formulaire en ligne reprend les mêmes sections.

Priorisation des propositions par un Scientific Advisory Board (SAB) international indépendant. 

Quatre issues sont possibles :

1. Non recevable au regard des critères d’éligibilité ;
2. Non retenue par le SAB ;
3. Retenue par le SAB avec recommandations d’amélioration ;
4. Retenue par le SAB avec propositions éventuelles de convergence avec d’autres candidatures.

• Échéance : fin avril

 L’APRS présente les résultats de cette analyse à l’État pour valider les priorités retenues, les projets de cohorte et ajustements recommandés par le SAB. 

L’APRS notifie les résultats aux candidats et demande aux projets retenus d’intégrer les recommandations du SAB afin de préparer un dossier ANR complet et détaillé (méthodologie, budget détaillé) 

• Échéance : fin mai

L’ANR prend le relais pour l’évaluation finale des projets ciblés, en vue de leur potentielle validation par l’État et de leur financement 

• Calendrier en cours de confirmation avec l'ANR

Les informations sont disponibles sur le site internet de l’APRS : https://ami-aprs.fr/plan-cohortes-france-2030-appel-candidatures

Cette adhésion formalise un cadre de collaboration clair et sécurisé, permettant au centre partenaire de transmettre ses données cliniques et génétiques pour alimenter la base de données Mitomatcher, dans le respect des exigences éthiques, réglementaires et scientifiques.

Les données partagées contribuent à l’enrichissement de la base Mitomatcher, dédiée à l’amélioration des connaissances sur les maladies mitochondriales, à l’harmonisation des pratiques de diagnostic. 

L’intégration progressive de centres de diagnostic du réseau Mitodiag constitue un levier essentiel pour renforcer la qualité, la diversité et la représentativité des données, au service de la recherche et de la communauté médicale.

Café Variome: explorer les données en toute sécurité

Café Variome, développé par l’équipe d’Anthony Brookes de l’université de Leicester est un outil qui permet de requêter de manière sécuriser les bases de données. Son adaptation au projet MITOMICS a été réalisée grâce à la collaboration entre l’équipe de Leicester et la Data Manager de MITOMICS. L’outil permet ainsi aux professionnels de santé de facilement connaître les informations disponibles dans Mitomatcher, sans accéder aux données personnelles, facilitant l’orientation des diagnostics et le développement de nouveaux projets de recherche sur les maladies mitochondriales.

https://assises-genetique.org/sessions-de-posters-presentes/  
 

En tant qu’infrastructure nationale de recherche dédiée aux cohortes, France Cohortes a pour mission de soutenir la communauté scientifique en proposant des outils, des méthodes et des services mutualisés favorisant la qualité, la reproductibilité et la robustesse des études longitudinales. 

Dans le cadre de l’évolution de notre feuille de route et de notre stratégie future de développement, nous cherchons à mieux cibler nos efforts envers les cohortes en sondant l’ensemble de la communauté, afin d’adapter et d’enrichir notre offre de services de manière à ce qu’elle réponde aux besoins du plus grand nombre, en s’adaptant au mieux aux réalités du terrain et aux enjeux scientifiques actuels. 

Ce questionnaire s’adresse aux chercheur(e)s et membres d’équipe impliqué(e)s dans la constitution actuelle ou future, la gestion ou l’exploitation de cohortes de santé, et exerçant leurs fonctions au sein d’institutions de recherche françaises. 

Nous vous invitons à réunir votre équipe pour répondre au questionnaire, de manière à renseigner un sondage par cohorte. Si vous êtes impliqué dans plusieurs cohortes, vous pourrez répondre autant de fois au sondage.

Il aborde dix thématiques couvrant les aspects scientifiques, techniques et réglementaires liés à la conduite et à la valorisation des cohortes. 

Le temps de réponse est estimé à environ 15/20 minutes. Le sondage reste ouvert jusqu'au 16 février.

Nous vous remercions par avance du temps que vous consacrerez à cette enquête et de votre contribution précieuse à l’amélioration de nos services.

Cliquer ici pour accéder au sondage

Pour télécharger la trame du questionnaire au format word afin de préparer votre réponse, cliquez ci-dessous :