L'atrésie de l'œsophage (AO), une malformation de l'œsophage présente dès la naissance, se caractérise par l’interruption de la continuité de l’œsophage, qui se termine alors en cul-de-sac. Les aliments ou la salive ne peuvent pas être amenés dans l’estomac. (Source : Fimatho) Elle concerne 150 naissances par an en moyenne en France, ce qui en fait une maladie rare. 

Il est alors nécessaire de réaliser une opération visant à remettre l’œsophage en continuité. Bien que cette intervention permette à la grande majorité des enfants de survivre à la période néonatale, il peut persister toute la vie des problèmes de santé tels que le reflux gastro-oesophagien, des difficultés pour manger, des problèmes respiratoires mais aussi de croissance.

L’objectif du projet est de créer une cohorte prospective d’adolescent de 13/14 ans, nichée dans le registre national des AO. En complément des données cliniques, une biobanque d'échantillons de muqueuse œsophagienne et de plasma sera constituée.

Une fois les données cliniques collectées et les données omiques (issues de l’analyse des échantillons biologiques de la biobanque) générées, elles seront analysées par les partenaires du projet afin d’évaluer le devenir à long terme de l’OA et d’établir des profils multiomiques.

Les données brutes ne sont pas encore accessibles, mais seront disponibles sur la plateforme de France Cohortes.

Ce travail a bénéficié d'une aide de l’État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre de France 2030 portant la référence ANR-21-PMRB-0011 ainsi qu’un financement de la fondation IRCEM.

Les « RASopathies » sont un ensemble de maladies du développement d’origine génétique caractérisées par une activation constitutionnelle de la voie de signalisation RAS/MAPK suite à des mutations d’une protéine de la voie RAS/MAPK ou d’un régulateur de cette voie. Les patients atteints de ces syndromes (syndromes de Noonan, Costello, cardio-facio-cutané, CBL…) partagent certaines caractéristiques phénotypiques : retard de croissance, cardiopathie, dysmorphie, déficience intellectuelle, anomalies cutanées et lymphatiques, anomalies de l’hémostase et hémopathies malignes telles que les leucémies myélomonocytaires juvéniles (LMMJ) mais avec une importante variabilité inter-individuelle dont les bases sont encore mal comprises. 

La mise en place de l'entrepôt de données unique (RASORES) adossé à une biobanque virtuelle permettra d’établir de nouvelles corrélations génotype/phénotype chez les patients atteints de RASopathies via une étude de cohorte sur l'histoire naturelle de la maladie, sur les conséquences neuropsychologiques et sociales et sur des investigations physiopathologiques précliniques. 

L'entrepôt de données hébergé par France Cohortes sera cloné en tant que sous-registre des RASopathies de l'EDS ILIAD (registre européen de l'ERN ITHACA dédié aux anomalies du développement et du neurodéveloppement) et interopérable avec d’autres bases de données européennes.

En permettant d’établir de nouvelles corrélations génotype/phénotype, l'EDS RASores permettra une meilleure prise en charge des patients atteints de RASopathies (adaptation du diagnostic, suivi et information des patients et des familles) et facilitera les projets de recherche d’approche médicamenteuse modulée par un processus de médecine personnalisée.

L’EDS RASores, abordera 2 aspects difficiles des RASopathies dont la prévalence est de 1/2000 : 

1/ sur le plan clinique, la délimitation des complications rares et tardives de la maladie, qui ne peuvent être traitées de manière fiable que par une approche de cohorte systématique, et leur impact psychosocial sur la vie du patient ; 

2/ sur le plan fondamental et/ou translationnel grâce à la biobanque virtuelle adosée à l'EDS, élucider les mécanismes pathogéniques à l'origine des signes cardinaux des RASopathies, préoccupation majeure des partenaires du projet depuis des années. Les RASopathies sont des candidates aux interventions thérapeutiques ciblant la régulation de la voie des RAS/MAPK. A ce jour, aucune thérapie ciblant cette voie de signalisation n’est proposée pour les RASopathies.

• Alain VERLOES, Responsable du département de génétique clinique, APHP - Université de Paris Cité, Centre hospitalier universitaire Robert DEBRE, Paris
• Hélène CAVÉ, Responsable du département de génétique moléculaire, APHP - Université de Paris Cité, Centre hospitalier universitaire Robert DEBRE, Paris

Claudine CHARLES, PhD, cheffe de projet

claudine.charles@aphp.fr 

Ce travail de gestion de données fourni par France Cohortes bénéficie d'une aide de l’État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre de France 2030 portant la référence ANR-21-PMRB-0010.

Partenaires

La rétinopathie pigmentaire (RP), une dystrophie héréditaire de la rétine, constitute une cause majeure de malvoyance.

Le projet RaReTiA a comme objectif principal de créer un entrepôt de données de santé national au sein de France Cohortes et d’adresser ses premiers défis scientifiques.

Responsable scientifique et technique : Hélène DOLLFUS, Inserm UMRS_1112 – Laboratoire de Génétique Médicale & Université de Strasbourg

• Site web FREDD-EDS

La dystrophie facio-scapulo-humérale (dystrophie FSH) est une maladie musculaire (myopathie) d'origine génétique parmi les plus fréquentes chez l'adulte. Son nom vient du fait qu'elle atteint principalement les muscles du visage (facio-), des épaules (scapulo-) et des bras (humérale). (source : Orphanet)

En combinant toutes les données recueillies auprès des patients porteurs de la pathologie, couplés à une analyse par intelligence artificielle, l’équipe veut créer une base de données au sein du système d'information de France Cohortes contenant toutes les informations nécessaires.

Elle permettra de développer et valider de nouvelles mesures digitales pouvant être utilisées dans les essais cliniques et études en condition réelle, mais aussi des biomarqueurs sériques et de nouvelles stratégies thérapeutiques innovantes.

Responsable scientifique et technique :  Pr Sabrina SACCONI, Responsable de la structure "Système nerveux périphérique, Muscle", Centre de référence pour les maladies neuromusculaires, Pôle de Neurosciences/Rhumatologie du Centre hospitalier de Nice

La maladie de Rendu-Osler ou télangiectasie hémorragique héréditaire (HHT) est une maladie vasculaire génétique rare qui, malgré une nette amélioration du dépistage et de sa prise en charge, peut sévèrement impacter la qualité de vie des patients et leur pronostic.

Le projet consiste à transférer des données recueillies depuis 15 ans au sein du système d'information de France Cohortes et à les enrichir de données complémentaires.

Leur analyse, soutenue par des outils de machine learning, permettra de fournir de nouveaux outils pour l’identification de facteurs pronostiques et pour prédire la réponse des patients au traitement.

Texte

Responsable scientifique et technique : Dr Sophie DUPUIS-GIROD, Service de Génétique – Hôpital Femme Mère Enfant – HCL, Centre de Référence pour la maladie de Rendu-Osler, Lyon

MITOMICS représente la création de la 1ère base de données française qui rassemble les données génétiques et cliniques des patients atteints de maladies mitochondriales. Cette base a pour objectif d’améliorer la prise en charge des patients et d’obtenir plus rapidement un diagnostic.

Le projet est portée par une équipe de scientifiques pluridisciplinaires comprenant des médecins, des chercheurs et des ingénieurs alliant leurs expertises en génétique, bio-informatique, intelligence artificielle et Sciences humaine et sociale.

Que sont les maladies mitochondriales (MM)?

Chaque cellule possède des mitochondries qui lui fournissent l’énergie nécessaire à son fonctionnement. Leur nombre s’accroit dans les organes à fort besoin en énergie (muscle, cerveau, nerf…).

Les maladies mitochondriales sont des maladies génétiques rares dues au mauvais fonctionnement de ces mitochondries. Elles représentent un ensemble de maladies qui diffèrent, parfois beaucoup, les unes des autres. Elles comprennent notamment le syndrome de MELAS, le syndrome de MERRF, le syndrome de Kearns-Sayre, l'ophtalmoplégie progressive…

Le diagnostic de ces maladies rares est difficile et les patients font face à une errance diagnostique qui peut atteindre plusieurs années. 

Pourquoi une base de données ?

Avec l’amélioration des méthodes de diagnostic moléculaire comme les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) qui permettent d’analyser simultanément des centaines de gènes, voire l’ensemble des gènes d’une cellule, le diagnostic génétique des MM s’est considérablement amélioré. Cependant seules des analyses génétiques ne suffisent pas parfois à diagnostiquer la maladie. 

D’autres analyses dites « mutli-OMICS » accessibles sont également riches en informations. Elles sont issues notamment de l’analyse des protéines (protéomique) et du métabolisme (métabolomique).

Ainsi le projet MITOMICS vise à croiser toutes ces données génétiques, biologiques et cliniques en les centralisant dans une base de données nommée « Mitomatcher ». Cette masse conséquente de données pourra être analysée grâce au développement de nouveaux outils bio-informatiques et à de l’intelligence artificielle. 

Les nouvelles technologies employées ouvrent ainsi de nouvelles perspectives afin de mieux définir les liens entre une anomalie génétique et ses manifestations de la maladie

Qui récolte les données et qui les utilise ?

Pour récolter les données, le projet s’appuie sur une étroite collaboration et communication entre 11 laboratoires français de diagnostic des MM appartenant au réseau MITODIAG (site MITODIAG). Chaque laboratoire alimentera la base à partir des données de patients. Celles-ci seront accessibles aux scientifiques, responsables du projet MITOMICS à des fins de recherche et aux professionnels de santé pour permettre aux patients d’accéder plus rapidement à un diagnostic.

Quelle finalité pour la base de données ?

La base de données est destinée à perdurer et être alimentée en continue pour que les connaissances scientifiques soient enrichies en permanence et permettre de :

• simplifier l’interprétation des résultats d’analyses génétiques
• faire progresser la prise en charge des patients
• faire progresser l’accès aux essais cliniques 
• améliorer les stratégies de diagnostic
• offrir de nouvelles pistes pour des solutions thérapeutiques

Responsables scientifiques et techniques : 

• Pr. Vincent PROCACCIO, Université d’Angers et Centre Hospitalier d’Angers 
• Pr. Sylvie BANNWARTH, Centre Hospitalier de Nice

Ce travail de gestion de données fourni par France Cohortes bénéficie d'une aide de l’État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre de France 2030 portant la référence ANR-21-PMRB-0012.

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est la maladie du motoneurone la plus fréquente chez l'adulte. Elle est très variable en termes de caractéristiques cliniques, de génétique et de neuropathologie. La SLA est une maladie mortelle, qui progresse inexorablement quelques années après son apparition. 

De nombreuses données ont démontré l'importance de la perte de poids au moment du diagnostic et pendant la progression de la maladie. Cependant, les mécanismes physiopathologiques qui expliquent la perte de poids restent inconnus. L'identification de ces mécanismes pourrait permettre de proposer une stratégie thérapeutique efficace contre la perte de poids pour les patients atteints de SLA, qui pourrait améliorer leur survie et leur qualité de vie.

FG-CoALS est un projet multidisciplinaire innovant visant à structurer une large cohorte franco-allemande pour identifier les marqueurs associés à la perte de poids au cours de la SLA.

Cette étude a comme objectif principal d’identifier des marqueurs biologiques, génétiques et d’imagerie associés à la perte de poids chez les patients SLA, avec une étude des corrélations de ces marqueurs en fonction de la présentation clinique des patients.

Les données françaises du projet vont être transférées dans le système d'information sécurisé de France Cohortes, pour assurer le partage d’informations avec de chercheurs au niveau national et international suivant la démarche FAIR.

Responsable scientifique et technique : Pr. Philippe COURATIER, Responsable du Centre de Référence Maladies Rares SLA & autres maladies du neurone moteur CHU Limoges

Ce travail de gestion de données fourni par France Cohortes bénéficie d'une aide de l’État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre de France 2030 portant la référence ANR-21-PMRB-0012.

FACE.S-4-KIDS est un projet de base de données tourné vers la question scientifique de l’hétérogénéité génétique et de l'expression variable des malformations craniofaciales, en vue d’une prise en charge clinique optimale (diagnostic, pronostic), et des plans de traitement personnalisés, notamment chirurgicaux.

Responsable scientifique et technique : Pr Stanislas LYONNET, Institut hospitalo-universitaire (IHU) Imagine - Institut des maladies génétique, Paris

Ce travail de gestion de données fourni par France Cohortes bénéficie d'une aide de l’État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre de France 2030 portant la référence ANR-21-PMRB-0012.